Бухгалтерия является структурным подразделением ДВГУПС, осуществляющим работу по своевременному учету объектов университета.
Бухгалтерия создана в 1939 году с момента создания института и осуществляет ведение бухгалтерского и налогового учета. Хранение документов бухгалтерского и налогового учета организуется руководителем - ректором (ст.7 п.3. Закона РФ "О бухгалтерском учете" от 06.12.2011 №402-ФЗ).