Формирование и становление коллектива происходило по этапам развития университета. С момента организации Хабаровского института инженеров железнодорожного транспорта экономисты работали в финансовом отделе под руководством главного бухгалтера, а в 1986 г. был образован планово-финансовый отдел. Руководителем отдела была назначена Федотушкина Галина Васильевна, зарекомендовавшая себя как грамотный, исключительно добросовестный специалист, хорошо знающий кадры института и специфику работы вновь образовавшегося отдела.
С 1 января 1992 года планово-финансовый отдел был преобразован в планово-экономический отдел и получил статус отдельного структурного подразделения, подчиняющегося ректору и первому проректору. Начальником отдела была назначена Акишина Светлана Владимировна, работавшая в должности научного и старшего научного сотрудника научно-исследовательской группы кафедры «Финансирование, учет и анализ хозяйственной деятельности» и исполнявшая обязанности руководителя группы. Приказом № 105 от 31.03.1994 г. на базе планово-экономического отдела было образовано планово-экономическое управление. Функции сотрудников ПЭУ были расширены.Залогом дальнейшего развития ПЭУ является профессиональное становление и стабилизация коллектива. Все сотрудники управления имеют высшее специальное образование, а текучесть кадров минимальна. Мурая Наталья Александровна, возглавляя управление с 1993 г., умело направляет усилия коллектива на надлежащее и своевременное выполнение функций ПЭУ, совершенствование организации деятельности управления и использование в работе современных форм хозяйствования.
Приказом от 17.09.2007 г. №939 планово-экономическое управление реорганизовано в планово-финансовое управление и в структуре управления создан финансовый отдел для ведения учета движения финансовых средств, управления оборотными средствами с целью наиболее эффективного использования финансовых ресурсов университета.
В связи с введением новых систем оплаты труда федеральный бюджетных учреждений приказом от 23.09.2008 г. № 655 было внесено изменение в структуру университета и с 01.12.2008 г. планово-финансовое управление переименовано в финансово-экономическое управление.
С 01.04.2015 г. начальником финансово-экономического управления назначена Смирнова Елена Викторовна.