В стуктуру ИДО ДВГУПС входят 10 учебных центров:
- Центр сертификации и аттестации специалистов;
- Центр информационных и цифровых решений;
- Лаборатория «Психология труда;
- Учебно аттестационный центр "Технолог";
- Центр корпоративной подготовки сотрудников и студентов;
- Дальневосточный учебный центр по подготовке специалистов в области обеспечения транспортной безопасности;
- Межотраслевой центр компетенций в Дальневосточном федеральном округе в строительной и транспортной областях;
- Дальневосточный учебно-научный центр информационной безопасности на транспорте (ДВУНЦ);
- «Учебно-методический отдел».