ДВГУПС победил во всероссийском проекте «Лучшие образовательные программы инновационной России» 2012-2013 учебного года. Из 32000 программ, реализуемых высшими учебными заведениями Российской Федерации, программы университета: 030300.62 «Психология», 140400.62 «Электроэнергетика и электротехника», 190300.65 «Подвижной состав железных дорог», 190901.65 «Системы обеспечения движения поездов», 270800.62 «Строительство», 271101.65 «Строительство уникальных зданий и сооружений» - вошли в число лучших.
Более 4 000 респондентов в 2012 году приняли участие в экспертном опросе в рамках проекта. Среди них ректоры российских вузов, члены региональных советов ректоров, сертифицированные эксперты, представители учебно-методических объединений, центров занятости, руководители производственных предприятий страны.