Научная деятельность коллектива института была направлена на оказание действенной помощи транспорту в решении сложных проблем, возникавших в суровое военное время. Совершенствование технологии работы предприятий ДВЖД, экономия стройматериалов, поиск заменителей дефицитных материалов, обобщение передового опыта железнодорожников - именно на этих вопросах концентрировалась научноисследовательская работа института. Её итоги были подведены на февральской объединенной дорожно-технической конференции. В 1944 году на конференции работало 4 секции, на которых заслушали и обсудили 67 докладов. ХабИИЖТ представил 18 докладов, Дальневосточная железная дорога – 19, Приморская – 16, Амурская –14.
Венцом созидательной работы по организации ХабИИЖТ стал первый выпуск инженеров путей сообщения, который состоялся 29 июля 1944 г. Из 84 выпускников – 16 человек получили дипломы с отличием, они были награждены знаком «Ударнику Сталинского призыва» и премированы денежной премией в размере 1000 рублей каждому. Особенностью тематики дипломных проектов являлось повышенное внимание к организации производства в условиях военного времени, строительству оборонительных сооружений. Для оказания помощи в деле организации дипломного проектирования в ХабИИЖТ были направлены видные ученые железнодорожного транспорта - доктора технических наук П. С. Дурново, А.М. Бабичков, а также доцент В.Д. Сибаров. В честь первого выпуска инженеров 15 преподавателей вуза были удостоены знака «Почетный железнодорожник». Девять наиболее талантливых и увлеченных наукой выпускников были оставлены в институте, что положило началу формирования собственного преподавательского состава.
Таким образом, для Хабаровского института инженеров железнодорожного транспорта военные годы стали временем становления профессорско-преподавательского состава и учебно-лабораторной базы, начала научно-исследовательской работы, поиска собственных подходов к учебно-воспитательному процессу. За годы войны из ХабИИЖТ были выпущены около 200 инженеров. На Дальнем Востоке появилась новая кузница высокопрофессиональных инженерных кадров и решена задача подготовки специалистов для региональных железных дорог.