Научно-исследовательская часть создана на базе Научно исследовательского сектора по указанию МПС РФ в 1996 году (указание № Б-694у от 07.08.1996).
Основное внимание в работе научно-производственного комплекса университета направлено на повышение эффективности взаимодействия науки и производства, на расширение и углубление связей с производством по всем аспектам деятельности вуза.
Университет является отраслевым вузом, поэтому большая часть исследований и разработок выполняется по заказам ОАО «РЖД» и железных дорог. В плане НИОКР университета также имеются работы, выполняемые для строительных и других организаций региона.
C 2008 года Научно-исследовательская часть преобразована в Управление научно-исследовательскими работами.