Лаборатория создана при согласовании с Институтом водных и экологических проблем ДВО РАН (ИВЭП ДВО РАН), Институтом тектоники и геофизики ДВО РАН (ИТиГ ДВО РАН), Биолого-почвенным институтом ДВО РАН (БПИ ДВО РАН).
Работа лаборатория «Гидроэкология» направлена на решение следующих задач: выполнение совместных исследовательских проектов в области естественных наук, включая гидроэкологические и биогеохимические исследования водных ресурсов; совместное создание, использование и внедрение научной и технической информации, документации, научных результатов, новых технологий и научного оборудования; публикация отчетов, научных статей, монографий; проведение двусторонних встреч, конференций и симпозиумов, а также организация участия специалистов ДВГУПС и ДВО РАН в международных конференциях, симпозиумах и выставках.
Заведующим лабораторией «Гидроэкология» назначен начальник УНИР ДВГУПС Сюй А.В. Заместителем заведующего лабораторией назначен директор ЕНИ ДВГУПС Ахтямов М.Х.